Год 2005. Через двадцать один год после того, как доблестные Автоботы и коварные Десептиконы возобновили свою бесконечную войну на планете Земля, Десептиконам удалось завоевать планету Автоботов Кибертрон. Уцелевшие защитники Кибертрона, обосновавшись на двух его спутниках, пытаются отбить родную планету. Внезапное нападение захватчиков вылилось в жуткое побоище возле Автобот-Сити. В разгар битвы вождь Автоботов Оптимус Прайм пал в бою с предводителем Десептиконов Мегатроном, после чего Матрица Лидерства Автобота переходит к его помощнику Ультра Магнусу. Тем временем сподвижники Мегатрона, получившего тяжкие увечья, выбрасывают уже малопригодного вождя в глубоком космосе, где тот встречает робота-«поедателя планет» Юникрона. Оба заключают союз с целью уничтожения Матрицы Лидерства Автобота (единственного, что способно привести к гибели Юникрона), в результате чего с помощью гиганта Мегатрон перерождается в нового лидера Десептиконов — Гальватрона. Перед лицом растущей власти Гальватрона и надвигающимся появлением Юникрона на орбите Кибертрона Автоботы должны действовать быстро и защитить Матрицу либо полностью погибнуть.